Nachdem der Hauptvorstoß des Feuers vorüber war, wurde London zu einem Ort des Rauchs, der Improvisation und der unermüdlichen Rechnungslegung. Die Straßen waren gesäumt von zerstörtem Mauerwerk und heißen Trümmern. Die Luft trug noch den Geruch von Holzkohle, nassem Asche und verbranntem Holz. Menschen, die mit Wagen und Bündeln geflohen waren, kehrten nun zurück, um nach Verwandten, Lehrlingen, Dienern und Nachbarn zu suchen. Einige fanden erkennbare Türöffnungen oder Wände und nichts weiter. Andere fanden nur ein Viertel, das über alle Anerkennung hinweg ausgelöscht war.
Die unmittelbare Aufgabe war Rettung, aber Rettung im Jahr 1666 bedeutete eine Kombination aus privatem Einsatz und städtischer Triage anstelle einer modernen koordinierten Reaktion. Boote auf der Themse wurden zu vorübergehenden Evakuierungsmitteln und Aufbewahrungsorten für gerettete Gegenstände. Freiflächen außerhalb der schlimmsten Zerstörung füllten sich mit Flüchtlingen, Tieren, Kisten, Bettzeug und den Geräuschen von Auseinandersetzungen darüber, was getragen werden konnte und wohin. Die Straßen und Ufer der Stadt wurden zu einem vorübergehenden Lager für die Entwurzelten. In dieser Umgebung war der Fluss nicht nur eine Grenze, sondern eine Lebensader: Wasserleute und Fährenfahrer brachten Familien von der Hitze weg, und alles, was in ein Boot gehoben werden konnte, wurde Teil des schmalen Spielraums zwischen Überleben und totalem Verlust. Diese Unterscheidung war in praktischen Begriffen von Bedeutung. Ein Haushalt, der eine Truhe, eine Bibel, einen Ehevertrag oder die Werkzeuge eines Handwerkers bewahrte, konnte mit einer gewissen Grundlage neu beginnen. Ein Haushalt, der diese Papiere und Besitztümer verlor, sah sich nicht nur dem Ruin, sondern auch einer Zukunft gegenüber, die von Beweisen, Titeln und Erinnerungen überschattet war.
Die bürgerschaftliche Last fiel auf ein System, das bereits durch das Ausmaß der Schäden belastet war. Die Kommunikation stockte, weil viele lokale Autoritätszentren abgebrannt waren. Kirchen, die als Treffpunkte hätten dienen können, waren verschwunden. Aufzeichnungen, einschließlich Pfarr- und Bürgerdokumenten, waren an vielen Orten zerstört worden, was Eigentumsansprüche und Identifizierung erschwerte. Krankenhäuser und Krankenanstalten mussten mit Verbrennungen, Rauchvergiftungen, Quetschungen durch einstürzende Gebäude und den gewöhnlichen medizinischen Folgen von Überfüllung und Erschöpfung umgehen. In einer vormodernen Stadt konnte die Nachwirkung eines Feuers schnell zu einer Nachwirkung von Hunger und Krankheit werden, wenn die Ordnung sich nicht wiederherstellte. Die überlebende Stadt musste daher mehr tun, als die Vertriebenen zu ernähren; sie musste eine Dokumentationskette wiederherstellen. In den Ruinen wurde das Fehlen von Dokumenten zu einer eigenen Art von Notfall. Ohne Pfarrregister, Haushaltskonten, Mietverträge und Bürgerunterlagen konnte die Stadt grundlegende Fragen nicht leicht beantworten: Wer besaß ein Grundstück, wer zahlte Miete, wer war gestorben, wer war entkommen und welche Güter waren gerettet worden? Das Feuer hatte daher sowohl durch Gebäude als auch durch administrative Erinnerung gewütet.
Diese fehlende Erinnerung war wichtig, denn London war nun eine Stadt der Ansprüche. Überlebende kehrten zu verkohlten Grundstücken zurück und versuchten zu identifizieren, was von Häusern, Werkstätten, Gasthäusern und Lagerräumen übrig geblieben war. In den Trümmern konnte jede Wandlinie und jeder verrußte Grundriss zum Beweis werden. Eine erkennbare Türöffnung könnte eine Grenze festlegen; ein eingestürzter Balken könnte markieren, wo einst ein Schaufenster gestanden hatte. Aber wo die Aufzeichnungen fehlten, konnte das Eigentum unsicher werden. Dies war keine abstrakte Unannehmlichkeit. Für Händler, Hausherren, Mieter und Witwen bedrohte der Verlust von Urkunden und Kontobüchern die rechtliche Grundlage der Wiederherstellung. In einer Stadt, in der Handel und Eigentum an schriftliche Beweise gebunden waren, machte die Zerstörung von Aufzeichnungen den wirtschaftlichen Schaden des Feuers schwerer messbar und schwerer reparierbar.
Dies war auch der Moment, in dem Schuld zu Politik wurde. Einige Londoner und Außenstehende verdächtigten sofort ausländische Brandstiftung. Solche Gerüchte waren in Momenten sozialer Panik verbreitet, und sie konnten gegen Katholiken, Niederländer, Franzosen oder jeden, der bereits als verdächtig galt, als Waffe eingesetzt werden. Der Staat führte schließlich unter diesem Klima der Angst die Hinrichtung oder Bestrafung einiger Personen durch, aber die Beweise für eine große Verschwörung waren nie überzeugend. Was die Stadt tatsächlich erlitten hatte, war auf eine andere Weise beängstigender: ein gewöhnliches Feuer, verstärkt durch städtische Verwundbarkeit und verzögerte Reaktion. Der Verdacht selbst hatte jedoch Konsequenzen. Er verwandelte die Nachwirkungen in eine Suche nach Feinden und setzte Magistrate und Ermittler unter Druck, Schuldige zu finden, selbst wenn die Beweise eine größere Verschwörung nicht unterstützten. In diesem Sinne war die Abrechnung nicht nur mit verbrannten Straßen, sondern auch mit der sozialen Instabilität, die ihnen folgte.
Das Feuer hatte auch die Grenzen der Führung offengelegt. Die Bürgermeister- und Bürgerstruktur war nicht für eine Katastrophe dieses Ausmaßes konzipiert worden. Die entscheidenden Entscheidungen – Gebäude zu zerstören, um Brandschutzstreifen zu schaffen – waren zu vorsichtig und zu spät getroffen worden. Nachfolgende Untersuchungen würden sich nicht nur auf den Ursprung des Feuers konzentrieren, sondern auch auf das Versäumnis, entschlossen zu handeln, sobald es im Gange war. Diese Abrechnung war wichtig, weil sie die Geschichte von einem Unfall zu einem Systemversagen verschob. Die Frage war nicht einfach, wo das Feuer in der Pudding Lane begann, sondern warum die Mechanismen der Stadt zur Eindämmung, Koordination und Abriss nicht mit ausreichender Geschwindigkeit reagierten, als die Gefahr unbestreitbar wurde. Das Ergebnis war eine Katastrophe, die über den Punkt hinausgegangen war, an dem gewöhnliche Brandbekämpfung sie kontrollieren konnte.
Als die Stadt sich genug abgekühlt hatte, um zu zählen, begannen die Menschen, Verluste in Blöcken, Kirchen, Haushalten und Lebensgrundlagen zu schätzen. Die genaue Zahl der Toten blieb ungewiss, teilweise weil das Feuer durch dichte Viertel fegte, bevor viele Menschen erfasst werden konnten. Einige Überlebende waren über Wasser geflohen, einige über Land, und einige hatten in offenen Feldern gewartet, bis der Rauch sich lichtete. Eine Stadt, deren Identitäten in Pfarrbüchern verzeichnet waren, sah sich nun dem praktischen Problem gegenüber, festzustellen, wer überhaupt überlebt hatte. Diese Ungewissheit reichte in jede Ecke der Wiederherstellung. Familien konnten nicht immer Todesfälle nachweisen. Gläubiger konnten nicht immer abwesende Schuldner identifizieren. Erben konnten nicht immer die Nachfolge klären. Was wie eine vorübergehende Katastrophe ausgesehen hatte, offenbarte sich auch als rechtliche Krise, da die vertrauten Dokumente der Stadt zusammen mit den Häusern, die sie beschrieben, verbrannt waren.
Unter den sichtbaren Akten des Durchhaltens waren die der Wasserleute der Themse und gewöhnlicher Londoner, die Familien und Güter von der Hitze wegfuhren. Ihre Arbeit war nicht glamourös, und die Aufzeichnungen bewahren oft Institutionen leichter als Arbeit, aber die Evakuierung hing von ihnen ab. So auch die schmale Möglichkeit, dass eine Familie eine Bibel, einen Ehevertrag, einen Stoffballen oder eine verschlossene Truhe mit Werkzeugen behalten konnte, die später beim Wiederaufbau eines Lebens helfen könnten. Der Unterschied zwischen dem Verlust von allem und dem Verlust von fast allem konnte von einer Bootsfahrt über den Fluss zur richtigen Stunde abhängen. Dies ist einer der Gründe, warum die Nachwirkungen so ungleichmäßig waren. Einige Haushalte hatten genug gerettete Gegenstände, um wieder in den Handel oder das häusliche Leben einzutreten; andere standen am Ufer des Flusses ohne Gewissheit über ihre Zukunft jenseits der Kleidung, die sie trugen. In einer Stadt, in der Arbeit und Wohnsitz oft miteinander verflochten waren, konnte der Verlust einer Werkstatt den Verlust des Lebensunterhalts bedeuten, und der Verlust eines Mietvertrags konnte auch den Verlust des sozialen Ansehens bedeuten.
Ein bedeutendes historisches Ergebnis dieser Phase ist, dass das Feuer nicht nur Trauer hervorrief; es erzeugte ein neues Verlangen nach Prävention und finanzieller Zusammenlegung. In den Wochen und Monaten danach verstanden die Londoner, dass Gebäudeverluste quantifiziert, verteilt und versichert werden konnten, auf eine Weise, die die alte Stadt nie für möglich gehalten hatte. Diese Idee würde sich langsam entwickeln, aber ihr Samen lag in der Abrechnung nach den Flammen: Wenn eine Stadt so vollständig zerstört werden konnte, dann benötigte die Wiederherstellung Institutionen, die so systematisch waren wie die Gefahr. Das Ausmaß der Zerstörung machte das Risiko sichtbar. Es machte auch deutlich, dass eine wiederaufzubauende Stadt in Begriffen von Totalsummen, Verteilungen und dokumentierten Verlusten denken musste, anstatt in isolierten Unglücken. Dieser Denkwechsel war selbst eine Folge der Nachwirkungen des Feuers.
Der Notfall war nicht vorbei, als die Menschen aufhörten zu fliehen. Er war vorbei, als die Stadt begann, wieder gemessen zu werden – durch Erhebungen der Ruinen, durch Listen von Grundstücken, durch Schätzungen der verlorenen Häuser und Kirchen. Erst dann begann London, sich von der Überlebenssituation zur Rekonstruktion zu bewegen, und dieser Übergang würde die Katastrophe in eine Politik verwandeln. Die Ruinen waren nicht nur ein Ende; sie waren der Beginn einer anderen städtischen Ordnung. In diesem Sinne war die Abrechnung sowohl materiell als auch administrativ: Asche musste beseitigt werden, aber auch Ungewissheit. Die Stadt musste Bilanz ziehen über das, was verbrannt war, wer durchgehalten hatte und was noch dokumentiert werden konnte. Nur dann konnte London beginnen, die Katastrophe in die ersten Umrisse der Wiederherstellung zu verwandeln.