Il fuoco iniziò nelle ore dopo la mezzanotte del 2 settembre 1666, nella panetteria di Thomas Farriner su Pudding Lane, vicino al London Bridge. Il momento esatto non è registrato con certezza, ma la posizione non è in dubbio: resoconti contemporanei e inchieste successive collocano l'origine in quel complesso di panetteria, dove forni, combustibile stoccato e stanze domestiche condividevano pareti. Nel documento sopravvissuto, questo non è un istante drammatico con una lettura precisa dell'orologio attaccata; è un punto di origine ricostruito da testimonianze e giudizi successivi. Il piccolo incendio domestico non era notevole di per sé. Ciò che contava era la catena di decisioni che seguirono e il fatto che in una città di legno e strade strette, il tempo era il nemico.
Pudding Lane si trovava in un quartiere affollato di magazzini, alloggi e traffico fluviale. Un incendio di un panettiere in un luogo del genere era pericoloso anche prima che si diffondesse, perché le strutture adiacenti e le merci stoccate offrivano al fuoco una scala verso l'alto e verso l'esterno. La famiglia era abbastanza numerosa da far sì che corpi addormentati e svegli si muovessero dentro e intorno all'edificio durante la notte. I segnali di avvertimento erano quelli ordinari che spesso precedono il disastro: fumi dove non avrebbero dovuto esserci, calore in una stanza che avrebbe dovuto essere fresca, l'odore di legno e cereali bruciati, e la necessità improvvisa di svegliarsi, prendere acqua e decidere se contenere o fuggire. In una città dove molti edifici si inclinavano abbastanza da permettere al fuoco di passare da uno all'altro, questi segnali non erano banali. Erano la prima evidenza visibile che l'intera strada potesse presto essere coinvolta.
La prima tensione critica non era se il fuoco esistesse, ma se potesse essere respinto prima di sfuggire alla casa. In una città moderna, quella decisione sarebbe spettata a professionisti con tubi, idranti, motori e radio. Nel 1666 spettava ai proprietari di casa e ai vicini, i cui strumenti erano secchi, scale e uncini per il fuoco. Se il fuoco rimanesse locale, una strada potrebbe sopravvivere. Se raggiungesse la prossima linea di tetto, la geometria della città avrebbe iniziato a fare il lavoro della catastrofe per essa. La distinzione tra "piccolo" e "incontrollabile" era misurata in minuti, non in ore.
All'inizio, il tempo prevalente non aiutava. L'estate era stata secca e, all'inizio di settembre, le strutture della città erano pronte a bruciare. Pareti di legno essiccate dal calore, superfici catramate, combustibile impilato e edifici densamente affollati rendevano l'accensione più facile e la diffusione più rapida. Una volta che un piano superiore prendeva fuoco, le braci potevano viaggiare nell'aria e cadere nei grondaie dei tetti o sulle tegole dei vicini. Ciò che era iniziato come un'emergenza domestica stava già diventando una questione di design urbano. L'ambiente costruito stesso era diventato parte del pericolo: vicoli stretti, piani superiori sporgenti e un denso schema di costruzione in legno trasformavano il contenimento in una corsa contro l'architettura.
Il sindaco Thomas Bludworth, come le autorità civiche intorno a lui, aveva un dovere legale e pratico di ordinare demolizioni se necessario. Questa era la strategia standard di interruzione del fuoco dell'epoca: abbattere le case prima che le fiamme le raggiungessero. Ma tale azione richiedeva velocità e fiducia, e entrambi erano scarsi. Il fuoco doveva essere giudicato abbastanza grave da giustificare la distruzione della proprietà per salvare la città. I funzionari esitarono e ogni ora di esitazione era un regalo per le fiamme. Le poste in gioco erano enormi perché la demolizione non era un rimedio astratto: significava ordinare la distruzione di case che altrimenti potrebbero essere salvate, e farlo prima che ci fosse una prova assoluta che il fuoco fosse sfuggito al controllo. Quella soglia era difficile da definire nel buio e ancora più difficile da agire quando l'allerta, la confusione e le responsabilità concorrenti premevano sullo stesso momento.
C'era anche un problema strutturale nel comando. La responsabilità era distribuita tra funzionari parrocchiali, leader civici e rappresentanti della Corona. Nessun singolo ente aveva l'autorità di imporre un piano di emergenza immediato e su scala cittadina. Ciò significava che un incendio poteva essere riconosciuto come pericoloso da molte persone contemporaneamente e comunque non ricevere una risposta coordinata. L'avviso, in altre parole, non era nascosto. Era insufficientemente attuabile. Questo è uno dei fatti centrali dell'apertura del disastro: il pericolo era visibile prima di diventare opprimente, ma la macchina amministrativa era troppo frammentata per trasformare il riconoscimento in un intervento decisivo.
Al mattino, le fiamme erano cresciute oltre un incendio domestico. I primi tetti che cedettero crearono braci e lingue di fuoco che si muovevano verso gli edifici vicini. La rete di strade intorno alla panetteria divenne un imbuto. Il fumo si muoveva basso attraverso le strade e l'allerta si diffuse di bocca in bocca e di finestra in finestra. L'abitudine di lunga data della città all'improvvisazione stava per essere messa alla prova contro un incendio che premiava solo la velocità e la demolizione spietata. Ogni ritardo aumentava la probabilità che il prossimo edificio, e poi il successivo, diventassero parte della stessa struttura in fiamme.
Un piccolo ma rivelatore fatto dalla successiva ricostruzione storica è che la panetteria stessa non era una semplice cucina isolata. Faceva parte di una struttura mista domestica e lavorativa, il tipo di edificio comune in tutta la città. Quel dettaglio è importante perché spiega come la vita ordinaria e il calore industriale convivessero quasi l'uno sopra l'altro. Il segnale di avvertimento, quindi, non era semplicemente una fiamma vista da una singola famiglia; era l'esposizione di un'intera forma urbana che aveva superato il suo margine di sicurezza. Il fuoco non aveva bisogno di circostanze insolite per diventare pericoloso. Aveva solo bisogno delle condizioni ordinarie della vita londinese nel 1666: legno, congestione, materiali combustibili stoccati e un ritardo nell'azione decisiva.
Il problema critico non era la mancanza di prove che il fuoco fosse iniziato, ma l'assenza di un sistema capace di forzare un contenimento immediato. Le inchieste successive avrebbero enfatizzato le conseguenze di quel ritardo, ma gli avvertimenti erano già presenti nei primi momenti. Il fuoco era inizialmente un evento locale in una singola panetteria su Pudding Lane; poi divenne un'emergenza di quartiere; poi divenne un problema cittadino. In ogni fase, i segnali di avvertimento erano abbastanza visibili da essere compresi, ma la città mancava della velocità e dell'unità necessarie per agire su di essi prima che il fuoco superasse il confine da gestibile a incontrollabile.
Con l'avvicinarsi dell'alba, la domanda non era più se il fuoco esistesse, ma se qualcuno avrebbe abbattuto le case circostanti prima che il vento e le strade affollate lo trasformassero in qualcosa di più grande. Quella risposta arrivò con brutalità. Una volta che le prime barriere cedettero e i primi tetti presero fuoco, l'incendio della panetteria superò la soglia da incidente a catastrofe.