Quando il fuoco si spostò oltre Pudding Lane, iniziò a comportarsi come una forza della natura che si muoveva attraverso una città costruita per alimentarlo. Le fiamme non si muovevano inizialmente come un'unica parete pulita; avanzavano a salti, da tetto a tetto, passando per soffitte e grondaie, attraverso telai in legno crollati che lanciavano scintille nei cortili adiacenti. Nelle strade a est del vecchio centro, il calore divenne così intenso che le persone non potevano rimanere vicine a lungo. Le case si annerirono, le finestre esplosero e l'aria si riempì di fumi così densi da offuscare i punti di riferimento e i volti. In una città dove le strade erano strette e i piani superiori spesso sporgevano sulla strada, il fuoco sfruttò ogni abitudine architettonica che aveva reso Londra densa, redditizia e difficile da difendere.
Le prime ore dopo l'incendio scoppiato il 2 settembre rivelarono la velocità con cui un incidente domestico poteva trasformarsi in una catastrofe urbana. Gli osservatori contemporanei non vedevano semplicemente una proprietà in fiamme, ma una reazione a catena tra case di legno, magazzini affollati e cortili pieni di materiali secchi. Una volta che il fuoco raggiunse gli edifici adiacenti, le vecchie distinzioni tra abitazione privata, negozio e magazzino svanirono. L'evidenza della forma costruita della città divenne l'evidenza della sua vulnerabilità: sporgenze, persiane in legno, pareti di listelli intonacati e spazi sotto il tetto che collegavano un edificio all'altro. Ciò che era sembrato ordinario, persino efficiente, ora formava un percorso continuo per la distruzione.
Entro il 3 settembre, l'incendio aveva raggiunto gran parte della vecchia City. I contemporanei descrivevano un paesaggio in cui le campane suonavano, i carri bloccavano le strade e le folle si muovevano sotto un cielo diventato sporco e rosso. A London Bridge, il progresso del fuoco fu in parte bloccato dalla muratura del ponte e dalla demolizione di strutture adiacenti, ma ciò non salvò i più ampi distretti orientali e centrali. Il fiume, invece di fungere da confine sicuro, divenne un canale di movimento per persone, beni e paura. Barge piene di beni domestici affollavano il Tamigi mentre le famiglie cercavano di salvare ciò che potevano. La riva del fiume, normalmente un luogo di commercio e transito, divenne un terreno di stoccaggio per la sopravvivenza: letti legati in fasci, bauli sollevati a bordo in fretta, casse di carta e vestiti portate giù verso l'acqua, e interi nuclei familiari compressi in ciò che una barca poteva trasportare.
La meccanica del fuoco era spietatamente semplice. Una volta che un isolato di edifici prendeva fuoco, il calore radiante asciugava l'isolato successivo. Il vento portava braci oltre il fronte delle fiamme immediate. Le sporgenze in legno e le strade strette intrappolavano il calore e ne impedivano la dissipazione. Il fuoco consumava non solo case ma anche il tessuto connettivo tra di esse: negozi, capannoni, cortili e spazi sotto il tetto che permettevano a un incendio di saltare in modi che le mura di pietra avrebbero potuto prevenire. Ciò che la città aveva trattato come efficienza urbana divenne continuità del fuoco. In termini pratici, ciò significava che il contenimento non era semplicemente una questione di raggiungere le fiamme visibili. Il pericolo risiedeva in ciò che non poteva essere facilmente visto: le soffitte dove si annidavano le scintille, le partizioni in legno dietro l'intonaco, le grondaie dove le braci potevano smolderare prima di esplodere in un nuovo incendio. Ogni minuto che passava permetteva a questi canali nascosti di fare il loro lavoro.
La vita emotiva del disastro era altrettanto concreta. Per le strade, le persone caricavano letti, bauli, documenti e pentole su carrelli, slitte e barche. Altri abbandonavano completamente i propri beni quando il calore diventava troppo intenso. I ricchi e i poveri si incontravano nelle stesse vie ingombre, ciascuno cercando di salvare una diversa frazione di vita. Per alcuni, l'ultima decisione era se continuare a impacchettare o scappare. Quella era la tensione cruciale della giornata: ogni carrello ritardato da un oggetto poteva diventare un carrello superato dalle fiamme. Ciò che poteva essere trasportato in pochi minuti poteva contare per sempre. Ciò che rimaneva in un baule, una scrivania o una sala contabile poteva essere perso senza speranza di recupero. In una città di registrazione mercantile, la distruzione della carta non era solo sentimentale; poteva cancellare pretese, conti, affitti e diritti di proprietà che dipendevano da prove scritte.
L'intervento famoso arrivò troppo tardi e in modo troppo disuguale per fermare la prima espansione, ma contò in seguito: la demolizione deliberata di case per creare taglianti di fuoco. Quelle demolizioni furono l'unica difesa pratica che Londra avesse. Eppure, le catene di comando, l'esitazione legale e la paura di distruggere proprietà rallentarono la risposta durante le ore più preziose. Una volta che il fuoco aveva guadagnato forza, le braci volanti potevano saltare i vuoti creati dalla demolizione se l'apertura non era abbastanza ampia. La città doveva scegliere tra distruggere parte di se stessa e rischiare tutto, e quella scelta fu fatta tardi. La misura era tanto amministrativa quanto fisica: dovevano essere emessi ordini, riuniti lavoratori, trovati strumenti e accettata l'autorità in una crisi in cui l'esitazione aveva conseguenze immediate. Il resoconto del disastro è plasmato da questo ritardo. Mostra non solo come si comporta il fuoco, ma anche come il governo possa fallire nel muoversi al ritmo richiesto dalla catastrofe.
Il 4 settembre, la distruzione divenne più visibile e più completa. Le fiamme minacciarono le grandi strutture civiche ed ecclesiastiche che definivano l'identità di Londra. La Cattedrale di St. Paul, che era già stata danneggiata e in alcune parti riadattata per lo stoccaggio e il commercio negli anni precedenti, divenne un gigantesco cumulo di combustibile una volta che il calore e il fuoco trovarono il suo tetto e le impalcature. La caduta della cattedrale sarebbe diventata una delle immagini durature del fuoco: non semplicemente un edificio bruciato, ma un ancoraggio di una civiltà che crollava in braci. La perdita portava una forza simbolica perché St. Paul non era semplicemente una chiesa; era un centro della vita cerimoniale e sociale della città, un luogo la cui scala e prominenza pubblica rendevano la sua distruzione visibile in tutta Londra. Quando andò in fiamme, il disastro non poteva più essere compreso come confinato a un solo distretto o a una sola classe di proprietà.
La scala della perdita è ancora discussa con cautela dagli storici perché il conteggio esatto nel 1666 era impossibile in mezzo al totale disordine. Ma la stima comunemente citata, tratta da lavori ufficiali e storici successivi, è che circa 13.200 case furono distrutte, insieme a 87 chiese parrocchiali. La cifra è sia enorme che incompleta, perché non può esprimere pienamente la perdita di laboratori, scorte, registri e case compressi in quelle strutture. Non cattura nemmeno lo spostamento di migliaia di persone i cui quartieri cessarono di esistere da un giorno all'altro. Il numero 13.200 è di per sé un indizio forense: ci dice la scala alla quale le autorità contemporanee e i compilatori successivi cercarono di quantificare la rovina, anche se il macchinario amministrativo della città era stato sopraffatto. Il fuoco non bruciò semplicemente l'architettura; bruciò attraverso i registri, i contratti, gli atti e gli inventari che normalmente avrebbero permesso un conteggio più preciso.
Una caratteristica notevole e spesso trascurata della catastrofe è quante poche morti furono formalmente registrate rispetto alla scala della distruzione. Gli storici moderni generalmente avvertono che il vero bilancio fu probabilmente sottovalutato, specialmente tra i poveri, gli anziani, i servitori e chiunque il cui corpo non fu mai identificato. Le stime contemporanee e successive variano da un pugno a diverse dozzine di morti, ma nessun totale autorevole può essere provato. La discrepanza stessa è rivelatrice: il fuoco distrusse gli edifici più a fondo di quanto preservasse le prove dei morti. In un disastro di questa magnitudine, il percorso documentario diventa irregolare esattamente nel punto in cui la certezza conta di più. L'assenza di un totale affidabile di vittime non è prova di nessuna perdita; è prova di quanto rapidamente i sistemi sociali e amministrativi possano essere privati dei mezzi per contare.
Quando il peggio del nucleo urbano era bruciato, la City era stata svuotata. Le strade che avevano ospitato mercanti, parrocchiani, apprendisti e carri erano ridotte in cenere, macerie e muri che si ergevano come denti rotti. Il fuoco non era ancora finito, ma il suo baricentro si era spostato da un distretto a un altro mentre il vento e il combustibile disponibile lo muovevano verso ovest. Ciò che rimaneva non era sollievo, ma esaurimento. La città era entrata nella lunga ora in cui le persone scoprono che il disastro non finisce quando le fiamme passano; finisce quando non c'è più nulla da bruciare. In quel'esausto dopo, il grande cuore amministrativo e commerciale di Londra fu lasciato a confrontarsi con la scala di ciò che era scomparso: non solo edifici e chiese, ma i meccanismi quotidiani di commercio, memoria e ordine civico che avevano fatto funzionare la vecchia City.